1948年10月至1949年1月，国军在锦沈、徐蚌、平津会战接连失利，海军总司令桂永清鉴于海上及两栖作战需求，且陆战队重建后官多兵少、编阶与现职不符，呈请编练2个陆战师，陆战队第1师拟由海军总司令部现有陆战团编组，员额归入海军总司令部4.8万人总员额内自行调配。
1949年1月24日，海军陆战队司令部在上海复兴岛成立，杨厚彩少将任首任司令，统辖3个陆战团，为第1师组建完成指挥体系铺垫。
1949年2月15日，陆战队第2师先行获准成立，第1师筹备工作同步推进，海军总司令部明确其编制参照1948年陆军师统一编制，员额9005人。
1949年3月19日，因原海军陆战队司令部无后勤支援能力裁撤，合并海军警卫第2、4营及陆战队砲兵团一部，海军陆战队第1师在上海高昌庙营区正式成立，原陆战队司令部直接改编为1师师部，直隶海军总司令部。任命杨厚彩少将为师长，王化少将为副师长，吴文义上校为参谋长，师部驻地上海复兴岛；成立后即派员至南京、上海、江西、青岛等地招考志愿兵1200名，补充兵力。辖师部、第1团（王翰卿任团长）、第2团（何相宸任团长）、第3团（邹伯庸任团长），及特务营、师部连、战车连、工兵连、通信连、勤务连等师直属部队；师部编制员额为军官48员、士兵405人，第1团军官156员、士兵1243人，第2团军官123员、士兵1337人，第3团军官175员（士兵人数不详）。海军总司令部拨警卫第3营、第4营至第3团；以陆战队第2师第5团1个营（原陆战队砲兵团一部）改编为1师砲兵营。
1949年3月下旬，1师奉命由上海移防舟山，师部驻定海沈家门，以第1团、第3团固守舟山各要点，清查各岛户口、组训民众，第2团单独驻防长山八岛。
1949年5月9日，下野后的蒋介石巡视舟山、普陀山，由1师全权担任警卫部队。5月下旬，淞沪保卫战失利，陆军第52军、第67军等部转进舟山，舟山国军部队来源庞杂，指挥体系混乱。
1949年8月10日，舟山防务正式改由陆军统一指挥，1师归陆军舟山防务体系节制。8月中旬，解放军大举进犯长山八岛，1师第2团两个营力战不支，奉命由海上转进舟山归建。8月28日，1师第3团抽调兵力增援浙南洞头岛，配属海军温台巡防处协防浙南各岛，参与温州湾岛屿光复行动。
1949年9月5日，舟山防卫司令部正式成立，1师移交舟山本岛防务，调驻长涂、青滨、长白山诸岛，承担海防守备任务。9月中旬，1师第3团2营5连两个排（75人）驻守洞头岛，为海军温台巡防处核心守备兵力，后续参与洞头岛防御作战，该部在战斗中伤亡惨重。
1949年10月，解放军进犯舟山金塘岛，1师第2团（欠驻台担任警卫机动的第2营又1个连）参战，执行金塘岛防卫任务。10月25日，因国军战局全面失利，海军陆战队实施缩编，第1师司令部及直属部队改编为新的海军陆战队司令部及直属部队，承担海军警卫、港口与外岛守备任务，同时统筹两栖登陆作战发展，第1师正式进入缩编程序，杨厚彩师长任内的第1师编制至此取消。
1949年11月1日，新的海军陆战队司令部在舟山正式编成，直隶海军总司令部，原1师师长杨厚彩少将任司令，周雨寰少将任副司令，谢远灏少将任参谋长，原1师所属各团归该司令部统一指挥。11月初，解放军进犯舟山登步岛，1师战车连奉命派遣“继光”、“天祥”两砲艇参战，在海澄舰指挥下封锁桃花岛与登步岛间海峡，阻敌增援、切断退路，助力登步岛大捷。
1949年冬，国军战败后全线转进台湾，根据国民党中央裁军决策，海军陆战队第1师正式撤销，其剩余部队由台湾海军陆战队司令部统辖，继续承担外岛守备、海防等任务。
历任师长
杨厚彩（少将）：1949年3月19日-1949年11月1日
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