山东菏泽的曹县，古代叫曹州。北宋时期，曹州所在的定陶（今菏泽定陶区）是“关东之漕”水运中心，广济河（黄河北支前身）作为四大漕河之一，连接开封与山东、河北等地。此时曹州虽未直接临河，但通过广济河漕运系统参与南北物资转运。
元朝疏浚京杭大运河后，原广济河（元称灉水）成为大运河的支流，承担河南、鲁西南物资经曹县转入运河、北运大都的任务。曹州成为运河辐射区域，依托灉水与主河道连接，间接融入漕运网络。
明中期实施“引黄济运”工程后，灉水河道（即元代灉水）得到疏通，漕运持续兴盛。曹州虽未直接位于运河主干道，但通过灉水与京杭大运河贯通，成为鲁西南物资集散地之一。明朝曹州人口从洪武初年的约1.6万人，经正统年间恢复后增至约4-5万，至明后期可能接近10万。是一个繁盛的贸易集散城市。
由于万历后期山东天灾人祸不断，曹州的耕地大面积抛荒，“榆钱落地，久皆成大树”。以任七、张七为首的饥民“啸聚其中”，“号百万”。他们不仅利用茂密的榆林作掩护，还创造了地道战术，在地下挖掘纵横交错的通道，长达数百里，神出鬼没地袭击官军。到清朝初年，榆园军已经蔓延到朝城、观城、郓城、城武等县，声势颇为浩大。
1645年清军南下灭亡弘光政权后，也一并击垮了拦在江淮地区的“江北四镇”，收降了四镇兵马。其中，镇守淮北的东平侯刘泽清也投降了。因为刘泽清势穷才投降，而且人品极差，因此多尔衮也懒得重用他。赏了他两个侍女，就给接到北京解除兵权，授以三等子爵，给养了起来，实际是软禁。这个刘泽清，就是曹州人。
迁延到1649年，清廷仍没有巩固已占区，甚至引起了李成栋、金声桓、姜镶等前明将领的普遍性反正，导致全国局势一片糜烂。刘泽清丢失兵权已久，极想搞事情，他认为：清国不会用人，国运不久了。于是，秘密派遣侄儿刘之榦与麾下副将郑隆芳、姚文昌潜往南方同南明联络，也想反正。这三人不知走到哪里，也不知道是见了福建的鲁监国朱以海，还是广西的永历帝朱由榔，后回到北京悄悄复命，说“君王甚喜”。
刘泽清听闻大喜，搞事情的心情急迫起来，召集另一个亲信李化鲸，到北京密商，约定八月十五日刘泽清“从京中起手，尔等亦于是日举事”。这个李化鲸本是一介平民，因为熟悉运河水事，特别善于潜水，当地河道探浅这类技术活都是他干。因此被刚入山东的清廷特别倚重，一路提拔为曹州的副中军，相当于绿营主管参将的副手。实际上，这个李化鲸既是清廷绿营军官，又是刘泽清的人，同时还和榆林起义军有联系，可以说是三面间谍。他领了刘泽清命令后，返回曹州招兵买马，暗中进行反清的准备工作。
结果因为事不机密，被清廷探知，山东河道总督杨方兴使了一个调虎离山计，让李化鲸为兖州守备，请他单骑赴任。守备比副中军高了一级，相当于升官了。但是李化鲸接到升职加薪的命令，不喜反忧。他很快判断为，这是个计！不行，得立刻起兵！
李化鲸知道已经被清廷识破，迫不得已，也没通知刘泽清，直接把事情搞了起来。很快，他联络附近榆园等义军拥立一个明朝宗室朱洪基为王，年号“天正”，以明朝正统自居，发布檄文号召抗清。榆园军以曹州为中心，迅速攻占定陶、城武（今成武）、东明等县，并西破濮州、南克巨野，势力范围扩展至鲁西、豫东、冀南交界地带，一度对清廷京畿地区构成威胁。
清廷闻讯大惊，下令调东昌府梅勒章京赖恼、沂州总兵佟养量、临清总兵宜永贵、保定总兵鲁国男、河南总兵高第、河北总兵（指镇守河南省黄河以北三府地区）孔希贵等联合会剿。大批清军蜂拥进至曹州地域，义军虽然奋勇抵抗，终因众寡不敌，被杀得“尸横遍野，血染草丹”。清军先后夺回东明、定陶、城武等县，八月初一日包围了曹州。李化鲸等见形势不利，“出城讲说”，想要投降。并且在二十八日把拥立的“伪王绑缚献出”，希望借此换取清方退兵。
满清不听，继续围攻。九月十五日，李化鲸等又出城谈判，被清军扣留，把他和“伪王”以及刘泽清的三个侄儿押解进京。在这种情形下，曹州城里的义军仍然坚守城垣。十月初二日，清郑亲王济尔哈朗统率由京师南下湖广的军队行至曹州，用红衣大炮攻城。初四日，城陷，清军“搜剿无遗”。
李化鲸等人被押解到北京同刘泽清对质。刘泽清这个家伙，搞事情时上蹿下跳，但是事情败露却不敢承担责任。他慌不择路地烧掉所有与李化鲸等人交往的信件，同时向清廷诡辩，自己一心效忠，怕效忠得不彻底，烧毁的都是明朝发给他的诰命文件。多尔衮自然不会听他一面之词，安排清廷重臣会审他的案件。运气相当糟糕地是，刘泽清家中的婢女揭发了他的谎话，因此清廷将其定罪处斩！同一批被处死的是这件不成功“造反案”的各位主角们：刘泽清的弟弟、侄儿、李化鲸、刘泽清麾下副将郑隆芳、姚文昌。
可怜刘泽清堂堂一个江北四镇总兵，掌握七八万兵马，不肯抵抗满清。结果免不了跟郑芝龙一样，被满清枭首在北京菜市口，脑袋挂在木杆子上，永生永世不得超生。一百年后，他的名字还进了《贰臣传》，又被乾隆羞辱了第二次。
因为古代婢女告发主人，即使赢了，也是要受刑的，免不了一死。哪里有那么多胆子大的婢女啊？所谓府中婢女告发，不过是多尔衮也看不下去刘泽清这个人品，就想弄死他，故意使得一招“无中生有”吧！
处死刘泽清等人后，1649年（顺治六年），清廷任命张存仁为直隶、山东、河南三省总督，统一事权，加紧围剿榆林军的残部。因为榆林军神出鬼没，以榆林为掩护，清军很难追捕。同时，起义军还创造性地使出地道战的战法，更加变幻莫测。清军为了斩草除根，一把火烧掉了榆园林木，又决引黄河之水淹灌地道。坚持了数十年的榆林军，终于支撑不住，崩溃了。1651年（顺治八年）十月，榆林军首领梁敏遇难，“张七伏诛，任复性投降”。
因为义军攻克了曹州，拥立朱洪建曹州称帝，曹州成为义军根据地的“首都”。所以清军重点围攻了曹州，并进行了惨绝人寰的屠城。
清顺治十二年（1656年）《定陶县志》记载：“民残地荒者十八九矣……露吸鹪栖，风声鹤唳。”曹州地区因屠杀和战火，人口锐减，农田荒废，直至康熙年间才逐步恢复。《曹州志》记载：“清军以红衣大炮攻城，声震百里，城垣崩裂。”城墙在持续炮击下多处坍塌，守军防御体系瓦解。《曹州志》载：“清军入城后，焚杀无遗……尸横遍野，血染草丹，十室九空。”除少数投降者外，无论抵抗军民或平民均遭屠戮，死亡人数虽无确切统计，但战后曹州“元气未复，田庐尽毁”。
据信，这一次大屠杀，基本把曹州累积270多年发展而来的十万居民屠杀一空，成为废墟。因为这是一次前明失势军阀与农民军一起发动的反抗斗争，缺乏地主文人的介入，也跟南明其他政权毫无实质性联系，因此没有留下多少有用的记载，完全是一起孤立无援的无望搏斗。导致曹州地区农田荒废，人口屠灭无遗，直至康熙年间，通过周边移民填充，才逐步恢复过来。
但从此以后，曹州再也不是运河体系下的大商埠，而成为一个岌岌无名的五线小城，直至今日。
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