长州危局
在准备向长州再次发动攻击的四国中，英国本来并没有在长州攘夷行动中遭到任何攻击，美国、法国两国战舰也相继对下关炮台进行了报复性袭击，因此最初英国人并不打算再次攻击长州。但自从攘夷战争结束后，长州依旧在下关维持着攘夷态势，禁止外国船只通行，导致开放港长崎陷于瘫痪状态。而幕府对此则不闻不问，其征伐长州的理由也只是因为后者向皇宫开炮。在英国公使阿礼国看来，倘若继续放任长州的攘夷态度和幕府的不作为，日本的开国政策很有可能会发生倒退，导致英国在日本的利益受损。
英国驻日公使阿礼国
为防止这种情况发生，英国必须牵头带领其余各国再次攻击长州，彻底打破长州的攘夷态势，并敲山震虎警告幕府如果继续对日本国内的攘夷行动采取不作为态度，外国人就要自己动武解决问题了。同时这一行动也足以警示日本其余藩国，如果步长州后尘进行攘夷，外国舰队绝对会让他们付出代价。
此时正在英国留学的伊藤俊辅和井上闻多二人在3月就从报纸上获知了这一消息，大吃一惊的二人急忙赶回日本国内，并在6月10日抵达横滨。此后马不停蹄地前去拜见阿礼国和藩主毛利敬亲，希望能够说服双方达成妥协。早已在欧洲看到西方先进科技和强大实力的二人深知，一旦长州再次和欧洲列强开战，必将陷入万劫不复之地，而幕府讨伐军更是在背后虎视眈眈，随时会讨伐长州。
一番交涉之后，阿礼国对面前这两位身着洋服的日本人表示出了极大诚意，同意由二人出面，说服毛利敬亲接受联军方面提出的解除攘夷态势的条件，甚至还专门派出军舰将他们送到了长州。不过伊藤俊辅和井上闻多却在毛利敬亲那里碰了钉子。这位性格随和的藩主此时却罕见地表现出了强硬态度，拒绝不经一战便对外国舰队屈服。二人的努力付之东流，联军也终于在6月19日向长州发出最后通牒，警告后者如果不在20天之内解除对下关的封锁，联军舰队就将对长州采取武力行动，长州方面对此依然我行我素，战争已经不可避免了。
下关战争
在吸取了萨英战争中英军损失较大的教训后，联军方面这一次集结了一支规模极大的舰队。英国派出九艘战舰，法国派出三艘战舰，荷兰派出四艘战舰，美国方面则只派出了一艘装有四门火炮的武装商船。联军拥有将近280门火炮，兵力总数更是达到了4000人以上，其中2000人可以作为陆战队员登陆上岸。反观长州方面，虽然自攘夷战争结束后全藩便加紧铸造大炮，但此时能够调用的大炮数量仅有120门，兵力也只有以奇兵队为首的2000余人。早在一年前，在奇兵队成员与另一支新式部队撰锋队发生冲突后，一直因行事作风特立独行而不受恭顺派欢迎的高杉晋作便被解职。
正停泊在开放港横滨进行集结，并准备前往下关对长州发动报复性攻击的四国联合舰队
到下关战争爆发时，奇兵队总督已经更换为赤根武人。虽然与攘夷战争时相比，长州炮台的火炮数量、性能已经大为改观，而且也集中在了海峡最窄处的前田炮台和坛之浦炮台，同时兵力人数也达到了之前的三倍以上，但相比庞大的联军舰队却还是毫无胜算。英军已经全面装备了后装式线膛枪，而长州军此时仍然大量装备着刀剑等冷兵器，洋枪也多为前装式滑膛燧发枪，射速慢、精度差，发射先进米涅枪弹的线膛枪总共只有几十支。
7月28日，四国联合舰队以一年前指挥舰队炮击鹿儿岛的库珀为总司令从横滨起航，穿过丰后水道进入下关海峡。8月5日14时，海峡涨潮，联合舰队分兵三路开始发动进攻。英国"鞑靼"号、"美洲虎"号、"巴罗萨"号、法国"杜普雷"号、荷兰"库尔茨"号、"占碑"号等六艘战舰组成的第一分队沿门司海岸航行，并在田野浦海域下锚停航。由英国"英仙座"号、"蜂鸟"号，"巨人"号、"百眼巨人"号、法国"坦克雷德"号、荷兰"美杜莎"号组成的第二分队则在长府藩海岸投锚停航。英国"尤利阿勒斯"号、"征服者"号、法国"赛米拉米斯"号、荷兰"阿姆斯特丹"号以及美国"塔奇昂"号等装备有阿姆斯特朗式线膛炮的舰只组成第三分队，集中在田野浦海域距离长州炮台2300米的地方下锚。
正在对长州炮台进行攻击的法国军舰"坦克雷德"号。
按照计划，第三分队在开战后将首先利用阿姆斯特朗式线膛炮的射程和精度在长州炮台射程外对其进行炮击，摧毁炮台抵抗力。由于射速较慢，而且当时舰炮在战舰摇动时便无法确保远程射击精度，因此线膛炮在舰队炮战中并无太大用处。但这一次联军舰队选择直接在长州炮台射程外下锚停泊，自身战舰和对方炮台同时处于静止状态，线膛炮的优势便可以得到淋漓尽致的发挥。此外，与长州那些只能发射实心弹的火炮不同，阿姆斯特朗式线膛炮还使用了榴弹，落地时能够造成巨大杀伤。
下关战争中四国联合舰队一同炮击长州炮台的壮观场面。
由于下关海峡涨潮时海流较为湍急，战舰船体摇摆幅度过大，无法准确射击，四国舰队一直等到15时40分海流平稳后才由"尤利阿勒斯"号向长州炮台打响了第一炮。紧接着，整个第三分队纷纷开炮，集中火力轰击前田炮台。拥有较多大型战舰的第一分队则集中火力攻击坛之浦炮台，同时第二分队沿海峡向前推进，攻击一切可能造成威胁的目标。面对联军炮击，前田炮台、坛之浦炮台也积极应战，但由于火炮射程不足，且敌舰均沿海峡对岸的小仓藩海岸行动，始终与下关海岸保持距离，所有炮弹都远远落在目标前方的水面上，根本无法给对方造成任何威胁。
炮击进行到17时左右时，长州炮台已经不再开炮，"英仙座"号和"美杜莎"号乘机派出陆战队员对前田炮台发动攻击。前田炮台的守备队早已因无法承受舰队炮击而撤出了炮台，因此两舰陆战队员上岸之后，便得以在无人干扰的情况下进入炮台，并用铁钉钉死火炮的火门。不过由于兵力不足，且天色渐晚，这支部队没有继续向坛之浦炮台发动进攻便撤回了各自的战舰。当日夜间，联军将领召开会议，得出结论认为如果不再次派遣陆战队上岸彻底摧毁所有主要炮台，那么在舰队撤离后，长州便仍然保存有封锁海峡的战斗力，舰队取得的胜利也会因此失去意义。因此第二天天明后各舰必须派出一支更大规模的陆战队，扫清下关所有的长州炮台。
就在将领们召开会议的同时，"鞑靼"号和"杜普雷"号却因锚链互相搅在一起而发生了碰撞，导致两舰漂流到了长州炮台射程范围内。第二天天亮后，长州军立刻对两舰进行了炮击，使对方蒙受了一定损失。不过这并没有阻碍联军的登陆行动。上午7时，在英军亚历山大上校的带领下，1400名英国士兵、350名法国士兵、200名荷兰士兵以及50名美国士兵在舰炮的火力掩护下登上了前田海滩。
前日傍晚联军撤退后，奇兵队重新占领了前田炮台，现在两军便在前田炮台发生了交火。不过在遭受连续两日的炮击之后，长州军已经元气大伤，无法组织起有效的防线，仅能以小股部队进行零星抵抗。不久之后，多达2000人的联军陆战队便击溃了附近所有的长州部队，占领了前田炮台，之后便挥军深入，攻克坛之浦炮台。主要目标达成后，联军又开始对附近所有长州军残部进行清剿，并与奇兵队的一部分人马在角石兵营发生了较为激烈的战斗，亚历山大本人也在战斗中受伤。不过由于奇兵队装备差，阵地不完善，而且也没能有效利用手中的火炮，最后只得放火烧毁兵营后自行撤退。
奇兵队成员合影。但在大量装备后装线膛枪并使用先进战术的欧洲部队面前仍然不堪一击
在萨英战争和下关战争爆发之前，有不少日本人曾经认为，只要将外国军队引诱上岸，使其无法发挥战舰的威力，即使日军手中仅有刀剑、长弓、铁炮，也可以通过决死奋战击败装备着新式步枪的外敌，妄想只要能够接近敌军，便可凭借日本武士高超的剑术砍杀对方。事实上，力量的天平早在百年以前便倾向了火力，冲击力的作用则越来越小。在最后一场白刃战仍能起到重要作用的大规模战争--拿破仑战争中，白刃冲锋也只有在密集火力掩护下才能取得成功，而且稍有不慎便会被对方火力击溃。
在那之后，随着欧美武器在射程和精确度方面的继续进步，战场上出现各种密集横队、纵队的机会越来越少，而代之以蜂群一般的散兵部队。在下关战争中，英国陆战队在登陆后便以散兵战术向前推进。长州军在对方发射的猛烈火力面前完全不堪一击，很快便败下阵来。因此，长州军在下关战争结束后也开始采用散兵战术训练部队。
在历时两天的战斗中，长州军阵亡14人，伤40余人。联军阵亡16人，伤60余人。联军的伤亡数量大部分是因"鞑靼"号和"杜普雷"号遭到集中炮击而造成的。而长州军之所以在对方如疾风骤雨般的炮击面前伤亡人数较少，大部分原因在于炮台守军在面对他们从未经历过的猛烈炮击时大多直接逃之夭夭。从战后联军拍摄的炮台照片来看，绝大部分火炮仍然保持完好，炮台反击很快便中止只能是因为守军逃跑。而在后来联军的两次登陆中，第一次登陆时根本没有长州军加以阻挡，第二次登陆时长州军也很快便撤退了，因此有生力量损失并不大。
8月7日至8日两天，联军忙于彻底摧毁炮台战斗力。在当时而言，使用铁钉将火门钉死或者烧毁火炮的木制炮架都可以使敌方在一定时间内无法使用火炮。但联军为了免除后患，达到能够让各国船只在下关海峡通行的目的，选择了最为彻底的方法--把大炮全部搬走。在长州军撤退后，当地一些居民也被联军雇来参与了搬运工作。时至今日，法国荣誉军人院中仍然展览着从下关缴获来的长州大炮。
战斗结束后聚集在下关炮台上合影的英国陆战队士兵。
战斗结束后，自知已经战败的长州只得派出使者收拾残局。而使者人选也让人十分头疼，无论由谁出使，也只能与联军签订一份割地赔款的不平等条约，使者很可能会沦为激进攘夷分子的暗杀对象，因此无人敢于承担重任。最后，藩主只得选择先前因脱藩罪入狱，刚刚在6月份从监狱中被放出来，目前仍然处于藩政府监视下的高杉晋作出任使者。
被法国陆战队缴获后今日仍在法国荣军院保存展览的长州大炮。
在会谈中，高杉晋作基本答应了联军提出的所有赔偿条件，但对于联军提出在下关彦岛地区设立租借的要求却坚决回绝。高杉早年曾前往中国游学考察，因此对外国势力利用租界渗透、腐蚀中国的认识颇深。最后，高杉晋作不仅成功迫使对方放弃了租借领土的要求，甚至还以长州仅是日本一个藩国，财力薄弱，无力支付赔偿金为由将300万美元的赔偿金转嫁给了幕府方面。由于兵库、新泻开港问题而得罪了朝廷的幕府，为了避免刺激攘夷心切的孝明天皇，也只得硬着头皮扛下了这笔债务。比较有趣的是，在获得78.5万美元赔偿金后，美国政府却以美方实际损失不超过一万美元为由宣布这笔赔偿金非法，从未动用过这笔钱，并在明治维新后将其退还给了日本政府。
萨长同盟
虽然长州在下关战争中损失并不太大，并且避免了逐步沦为外国殖民地的可能，但迫在眉睫的危机却并没有完全解除。8月7日，就在联军忙于将下关炮台的大炮搬运上船时，幕府任命原尾张藩主德川庆胜担任征长军总司令，萨摩藩的西乡隆盛则出任参谋一职。不过由于很多藩国并不愿意真的对长州进行讨伐，因此征长军的集结工作进行得非常缓慢。直到11月1日，德川庆胜才离开大阪，奔赴与长州毗邻的广岛藩，准备以此为大本营展开长州征伐行动。
征长军总督德川庆胜
对幕府而言，这一时间上的拖延造成了灾难性结果。原先站在佐幕派一方支持严惩长州的西乡隆盛突然改变了想法，将萨摩藩引向了倒幕派。9月11日，西乡隆盛迎来了政治观念的一次巨大转变。在这一天，他在两位友人引荐下与幕府军舰奉行(海军司令)胜海舟会面。此人出身低微，但却凭借出众的才华和勤奋努力步步攀升，并在1864年成为军舰奉行，担任幕府海军司令。胜海舟虽然身为幕府要员，但内心对于幕府却没有太多好感。
他告诉西乡，由于在处理众多内政、外交事件时的犹豫不决，危害了日本的开国政策，幕府已在外国人眼中失去了威望，萨英战争和下关战争就是最好的例子。如果继续以统治力急剧下降的幕府作为日本政治核心，外国势必要越来越多地依靠武力干涉来达到维持日本开国的目的，最终导致日本沦为外国殖民地。而想要避免这种情况发生，唯一办法就是推翻已经腐朽不堪的幕府，建立以天皇为核心，由强藩大名执政的新政府，重新在外交方面树立威望，排除外国武力干涉的可能。
胜海舟这一席话对西乡产生了极为重大的影响，原本就对幕府无能有所不满的他逐渐产生了倒幕思想，放弃了原本倾向的公武合体论。而在对待长州问题的态度上，西乡也有了巨大转变。此前在他眼中，长州兵在禁门之变中对皇宫开炮的恶行是不可饶恕的，因此他主张尽快严惩长州。现在其政治目标发生转变后，西乡便开始觉得既然未来的日本政府不再需要幕府，反而需要强藩联合，空耗各藩力量进攻长州只能对未来日本政府的国力造成负面影响。而长州作为本州岛西部实力最强的藩国，也必将在未来的倒幕过程中扮演重要角色。因此自己应该说服幕府对长州采取宽大政策，解决已经成为政治泥潭的长州问题，尽快推行改革。
10月24日，在同德川庆胜进行会晤之后，西乡在前者支持下向长州提出了议和条件。首先，长州必须处死三名支持武力进京的家老，并将首级送交朝廷；第二，另外四位支持武力进京的藩士重臣也必须处死；最后，必须交还在禁门之变后逃到长州的攘夷派公卿。与武力征伐相比，这些要求要算是相当宽大了。为表明诚意，西乡还释放了10名萨摩藩在禁门之变中俘获的长州士兵。与此同时，为敦促长州接受条件，德川庆胜也率领大军压境。
在长州方面，自从下关战争结束后，被称为"俗论党"的妥协派便开始主宰藩政，而自称"正义党"的强硬派则受到了压制和清洗，高杉晋作几乎是刚刚从谈判的外国军舰回到岸边时起便遭到俗论党追杀，只得暂时躲藏起来。俗论党掌权后，立刻接受了西乡提出的请罪条件。下令三位家老切腹，并将头颅上交征长军，另外四人也被处以死刑，仅有攘夷派公卿尚未交还。不过就在此时，高杉晋作突然在下关举兵征讨俗论党，长州内部爆发内战，公卿们也投奔正义党军中，拒绝返回朝廷。
就在停战协议即将功亏一篑之时，西乡亲自前往下关，说服了高杉等人，将五位公卿送往中立的福冈藩，待长州内战结束后再行处理。这样一来，长州请罪的三个条件完全得到了满足，征长军也随之解散返回各自藩国。西乡隆盛凭借一己之力，帮助长州解决了四国联军攻打下关后的又一个危机，自八一八政变以来充斥于萨摩与长州之间的敌意也有所减弱。回到萨摩后，西乡在藩政中的影响力迅速扩大，成为了决策者之一。
自1864年12月15日率领80余名游击队士兵占据下关心地后，虽然藩主亲自下令俗论党对其进行镇压，但高杉手中可用的部队却越来越多。以奇兵队为首，主张对幕府采取强硬政策的诸队陆续汇集到了下关。1865年1月7日，高杉率军对位于绘堂的藩政府军营地发动进攻，御楯队的50人夺取了藩兵军费，并开始四处收买民心。
高杉晋作在1864年底举兵起义后，"于次年1月在大田、绘堂两地之间与前来镇压的藩兵进行了数场战斗并击败对方
此后10天时间里，正义党起义军将阵地设在大田并与藩兵展开了激烈战斗，最后藩兵败北，被迫撤退至长州藩首府萩。高杉本希望乘胜追击，攻入藩政府大本营，但时任奇兵队总督的山县狂介(山县有朋)和诸队指挥官均主张起义军应先撤出战场，静观其变。果不其然，毛利敬亲很快便在16日派出200名中立派藩士处理内战事宜，并最终决定俗论党下台，改由正义党执政。2月14日，正义党军队进入萩。五天后，藩论即被确定为"武备恭顺"，即表面上顺从幕府，暗地中整军备战，随时准备与幕府军再次开战。
这样一来，到1865年初，日本西部两个最强大的藩国--萨摩和长州都已在暗地中确定了倒幕的藩政方针，倘若这两个藩联起手来，便足以说服或胁迫整个西日本反对幕府，形成一股足以撼动幕府根基的倒幕力量。但由于1863年至1864年间双方在京都政坛中的激烈争斗，无论是萨摩还是长州都仍然十分敌视对方。日本历史已经来到了倒幕维新的十字路口，所需要的便只是一位领路人，而这个人，就是土佐浪人坂本龙马。
坂本龙马早年曾加入由土佐藩下级武士组成的激进攘夷团体"土佐勤王党"，后由于认清开国必要性而退出组织，并毅然脱藩，投拜胜海舟为师，在后者治下的海军塾学习航海术。在胜海舟的耳濡目染之下，龙马认清了推翻幕府的必要性。海军塾被幕府关闭后，坂本龙马几经辗转，带领原操练所的成员创办了海援队，成为土佐藩的一个商会活动于各藩之间，表面上进行贸易，暗地中却在连结各方倒幕力量。
土佐浪人坂本龙马。
积极学习西方科技、法律、政治的坂本龙马始终走在时代前列。早在土佐勤王党时期，坂本龙马就曾对一位友人说他喜欢比普通太刀要短的小太刀，因为今后在室内打斗的情况会越来越多。这位友人再次拜访他时带来了一柄小太刀，龙马却掏出了一支左轮手枪，告诉他这个要比刀更实用。龙马加入海军塾后，友人带着手枪再次拜访，他又举起一本《万国公法》说道："手枪只能打败敌人，此书却可拯救日本。"其思想进步之快可见一斑。
长州内乱结束后，坂本龙马十分敏锐的觉察到，如果能够将萨摩和长州两藩撮合起来组成倒幕联盟，就很有可能推翻幕府。龙马主动登门拜访西乡隆盛和已经成为长州藩政决策人并改名木户贯之(后改孝允)的桂小五郎，阐述其政治观点和两藩联盟推翻幕府的宏伟计划。虽然双方都有推翻幕府的意愿，但互相之间的猜忌却严重阻碍着联盟进程。雪上加霜的是，西乡隆盛多次因故爽约，一直没能与木户孝允进行直接会谈，这更增加了长州方面的不满。与此同时，担心长州在正义党领导下再次复兴并发动倒幕战争的幕府于1865年5月奏请天皇，请求再次对长州进行征伐并获得了批准。
坂本龙马、木户孝允亲笔书写的萨长同盟盟约，红字为盟约背面，由坂本龙马书写，黑字为正面，由木户孝允书写
为缓和双方气氛，坂本龙马开始安排利用萨摩藩同英国武器商的友好关系为长州购买新式武器。由于长州一直以来同西方国家关系不佳，而幕府近来又禁止长州进口武器，因而极其缺乏现代化武器来应对幕府的第二次征讨。在坂本龙马和另一位土佐浪人陆援队队长中冈慎太郎协调下，萨摩利用渠道帮助长州走私了多达7300支新式步枪和一艘蒸汽船，一下子就使长州藩获得了足以武装全藩部队的新式装备。在此之后，长州还继续不断地从萨摩方面买进武器。
有了萨摩的雪中送炭，双方的代表长州的木户孝允、品川弥二郎和萨摩的西乡隆盛、大久保一藏(大久保利通)终于在1866年1月的京都进行了直接会谈。在经历会谈初期的不顺利后，双方终于在坂本龙马的调和下达成六条协议，秘密订立了萨长倒幕同盟。
（待续）
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