香港地区自秦代便纳入中原王朝版图，唐代在屯门设置军镇，宋代已有中原氏族南迁至此。进入明代，香港与内地的联系在深度和广度上都达到了新的高度。这一时期，全球海洋格局发生重大变化。葡萄牙人东来、倭寇侵扰、海禁与开海的反复拉锯，都在珠江口这片海域留下了深刻的印记。香港地区，尤其是屯门正处于这些历史风暴的中心。
“屯门”一词在明代文献中具有两层含义。一是指海道的范围，由今日的南头，东延至大鹏湾，包括一切海岛；二是指陆地上的南头及香港的陆地部分。这一区域在晋代属东官郡，隋属宝安县，唐以后属东莞县。从地理上看，屯门扼守珠江口东岸，是海外船只进入广州的必经之路，唐代即在此设置军镇，足见其战略地位之重要。
明初沿袭元代旧制，香港地区仍属广州府东莞县。但随着倭寇侵扰、海盗活动频繁、西洋势力东来，原有的行政体制已难以应对。1573年（万历元年），朝廷采纳广东巡海道副使刘稳的奏请，将东莞县滨海地区划出，另设新安县，取“革故鼎新，转危为安”之意，治所设在南头。自此，香港地区改属新安县管辖，这一行政格局一直延续至英国占领前夕。新安县的设立，表面上是为解决东莞县辖区过大、管理半径过长的问题，实则反映了明廷对珠江口海防形势的高度重视。正如当时地方士绅所言“这片土地当省会门户，不能以寻常州县视之。”
明代的军事制度以卫所为核心。1381年（洪武十四年），明廷在东莞南头设立南海卫，下辖左、右、前、后四所及东莞、大鹏、从化三个守御千户所。南海卫的兵力配置在广东15卫中仅次于广州城，洪武年间设官21员、旗军1714名，至明中叶更增至6869名。这一数字本身便说明屯门在明廷海防布局中的分量。大鹏守御千户所设于1394年（洪武二十七年），由都指挥同知花茂奏设，位于今香港邻近的大鹏半岛。其设立进一步完善了珠江口东岸的防御链条，与南海卫形成犄角之势。除卫所体系外，明廷还在地方设立巡检司，“专一盘诘往来奸细，及贩卖私盐、犯人、逃军、逃囚、无引面生之人。”东莞县辖下设有福永、官富、缺口镇等六个巡检司。其中官富巡检司原为官富寨，1370年（洪武三年）改为巡检司，管辖范围覆盖屯门一带。
1453年（景泰四年），明廷将官富巡检司迁至屯门村，理由是“旧署隔涉海道，而新治为要冲地也。”这一迁移，从行政空间上确认了屯门在区域防御体系中的核心地位。明中叶以后，海防体制进一步升级。巡视海道副使这一省级监察官员从广州移驻南头，成为珠江口西段海防的常设最高指挥官。嘉靖年间，更增设南头参将，使屯门地区形成了“南海卫—海道副使—南头参将”三级防御体系，这在广东沿海是绝无仅有的待遇。
1513年（正德八年），一艘葡萄牙商船驶抵伶仃洋海域。这是欧洲船只第一次出现在珠江口。船上的葡萄牙商人请求登陆贸易，但未获明朝批准，只能在船上与广州来的中国商人进行交易。然而，和平贸易的诉求很快演变为武装冲突。正德末年，葡萄牙海盗船占据了屯门海澳，包括南头半岛、内伶仃岛、屯门青山及大屿山一带的部分岛屿。他们在岛上修筑工事，设置刑场，制造火器，甚至刻石立碑，宣示主权。这种行为严重挑战了明帝国的海疆权威。当地渔民和居民不堪其扰，纷纷向官府控告。
1521年（正德十六年）八月，明朝做出反应。广东海道副使汪鋐奉命率水师向盘踞屯门海域的葡萄牙人发起全面进攻。战事持续了四十余日，史称“屯门海战”。 明军大获全胜，葡军狼狈逃回马六甲。次年，葡军派舰队企图重新占领屯门，两军在大屿山茜草湾附近再度对峙，明军再次获胜，从此葡萄牙人退出了珠江口。这是中国第一次抗击西方殖民主义入侵并取得胜利的战役。此战之后，明廷下令水师“凡见到悬挂葡萄牙旗帜的船只就将其击毁”，此后三十年间，中国典籍中再无葡萄牙人侵扰广东沿海的记录。1553年（嘉靖三十二年），葡萄牙人通过贿赂广东官员，获得了在澳门的通商权；至1572年（隆庆六年），更获准租住澳门，开启了西方列强在中国建立长期据点的先河。屯门海战的硝烟散去后，葡萄牙人终究以另一种方式进入了中国。屯门海战之后，明廷对珠江口防务的重视程度明显提高。1553年（嘉靖三十二年）后，随着葡萄牙人获准在澳门居留，珠江口的防务形势更加复杂。广东海道副使这一时期移驻东莞南头城，“巡视海道一带，平时操练稽查，有事则督兵出海剿捕”，同时负有整饬船只，监督南头、白鸽二寨之责。”
1564年（嘉靖四十三年），两广总督吴桂芳进一步调整海防分工：海道副使管辖东莞以西至琼州，“领番夷市舶”；另设海防佥事，管辖东莞以东至惠潮，“专御倭寇”。这一分工清晰地区分了“西洋”与“倭寇”两类威胁，反映了明廷对海洋威胁来源的认识趋于精细。万历年间的海道副使设置虽有反复，一度移驻广州，旋即又返回南头。驻扎南头是常态。1624年（天启四年），兵部档案仍明确记载海道副使“驻扎东莞南头城”。
明代成为种植莞香的全盛时期，莞香的产销链条颇为完整。转运香木从尖沙咀用小艇送往“香港村”（今香港仔石排湾），再换大船转运广州，最终销往江浙苏杭一带。这个以香木转运闻名的港口，便被称作“香港”，这一名称始于宋代，定于明朝。明代郭棐所著《粤大记》附《广东沿海图》中，已明确标注“香港”这一地名。清初屈大均在《广东新语》中记载：“自离乱以来，人民鲜少，种香者，十户存一，老香树亦斩刈尽矣。”；“十户存一”的感叹，恰恰说明鼎盛时期种香户之多。莞香贸易不仅是一个经济现象，更塑造了香港的地名记忆与空间格局。
在明代海外贸易史上，广州无疑是核心口岸。但广州并非唯一的贸易空间。明中后期，南头逐渐形成了与广州相配合的贸易运作机制，这一体制的形成有其现实逻辑。广州虽是官方市舶司所在地，但受海禁政策制约，朝贡贸易之外的商舶贸易长期处于灰色地带。南头作为全广门户，恰好处于“看得见”与”“管不着”之间的模糊地带。葡萄牙人在正德年间选择屯门作为据点，也正是看中了这一区位特点，既能与广州进行贸易联系，又不在官方市舶司的直接监管之下。
除莞香外，香港地区在明代还有多项重要物产参与区域贸易。海盐是其中之一。官富盐场（今观塘、九龙城及油尖旺一带）自宋代便已设立，明代持续产盐，供应广府地区。盐业生产需要大量劳动力，盐场周边形成聚落，成为早期香港人口聚集的重要经济基础。采珠业在大埔水域有着悠久历史。大埔古称“媚川”，南汉时期即以采珠闻名。至明代，因前代过度开采，珠蚌资源日渐枯竭，采珠业走向衰落。但这段明珠出自海的历史，仍为香港留下了独特的文化记忆。青花瓷生产是大埔碗窰的亮点。碗窰一带瓷土矿丰富，明代文、谢二族在此经营窑场，生产青花瓷器。这是香港目前发现的唯一青花瓷古工场，遗址保存了从采矿到入窑装烧的完整工序。矿坑、矿洞、水碓作坊、碾磨作坊、淘洗池、制坯作坊、龙窑，一应俱全。碗窰窑场一直运营至20世纪30年代才停产，可见其生命力之持久。这些物产的存在与流通，表明明代香港地区绝非荒僻之地。盐、珠、香、瓷的生产需要技术、需要劳动力、需要市场网络，而这正是文明程度的物质证据。
有文献可考的移民活动始于宋代，宋室南渡及南宋末年蒙古军队压境之际，大批中原士族辗转南迁，元代初年部分抵达今日的香港地区定居。进入明代，移民潮仍在持续，这一时期是香港地区人口增长和社会结构定型的关键时期1898年英国强租新界时进行的人口统计显示，新界居民超过六万人，聚居于一百多个村庄。
明代香港作为广州外海的门户，在行政上先后隶属东莞县与新安县，与内地的联系在军事防御、经济贸易、人口迁徙三个维度上呈现出深度整合的特征。军事上，屯门作为全广门户，明廷在此设南海卫、海道副使、南头参将三级防御体系，正德十六年的屯门海战更成为中国第一次抗击西方殖民主义入侵的战役；经济上，以莞香、海盐、青花瓷为主的特产经香港转运广州，销往内地及海外，形成了“南头体制”这一独特的贸易管理模式；人口上，中原移民持续南迁，奠定了新界五大族群的宗族格局。明代香港是海防链条的关键节点、海上贸易的重要中转港、内地文化向南海延伸的桥头堡。这一时期的制度建构与物质流动，为清代乃至近代香港社会的形成奠定了深厚的历史根基。
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