一、建设工程施工合同纠纷案件的管辖法院如何确定

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条第一项规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款进一步明确：“农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。” 这是建设工程施工合同纠纷专属管辖的核心法律依据。其法理基础在于，建设工程与土地紧密相连，属于不动产范畴，工程所在地法院具有天然的地理优势，便于进行现场勘查、调查取证、财产保全和生效判决的执行。

二、建设工程施工合同中约定的协议管辖条款是否有效

建设工程施工合同纠纷适用专属管辖，当事人约定的法院管辖协议因违反法律的强制性规定而无效。

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。专属管辖是法律规定的强制性管辖，具有绝对排他性，任何单位和个人都不得通过协议方式变更。因此，无论当事人在合同中约定了哪个法院管辖，只要纠纷属于建设工程施工合同纠纷范畴，就只能由工程所在地人民法院管辖。如果当事人向约定的非工程所在地法院起诉，该法院会依职权将案件移送至工程所在地有管辖权的人民法院，已经受理的法院也不得继续审理。

三、建设工程施工合同纠纷的级别管辖如何确定

建设工程施工合同纠纷的级别管辖主要根据诉讼标的额确定，同时兼顾案件的重大影响程度；当事人不得通过拆分诉讼请求等方式规避级别管辖。

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第十七条、第十八条规定，基层人民法院管辖第一审民事案件，但本法另有规定的除外；中级人民法院管辖重大涉外案件、在本辖区有重大影响的案件以及最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件。对于建设工程施工合同纠纷而言，绝大多数案件都是根据诉讼标的额来确定级别管辖。当事人住所地均在或者均不在受理法院所处省级行政辖区的，中级人民法院管辖诉讼标的额 1 亿元以上的第一审民事案件；当事人一方住所地不在受理法院所处省级行政辖区的，中级人民法院管辖诉讼标的额 5000 万元以上的第一审民事案件。高级人民法院管辖诉讼标的额 50 亿元以上的第一审民事案件。