同治年间，陕甘地区爆发回民反清战事，战火蔓延陕西、甘肃、宁夏、青海、新疆广大区域，历时十余年方才平息。
战事结束后，清廷任命左宗棠主持西北善后工作，针对各地回民采取了不同的处置方式，其中金积堡、肃州、西宁等地的回民遭遇了强制迁徙与人员惩处，而河州地区的回民却成为特殊例外。
河州地处西北农牧交错地带，东接狄道州（今甘肃省临洮县），西连循化，南邻洮州，北靠黄河，是连接甘肃中部与西部的交通要地，也是回民聚居的重要区域之一。
同治二年，陕西回民起义的影响波及甘肃，河州地区回民纷纷举兵响应。马占鳌率众攻克河州城后，逐步控制河州及周边狄道、循化等广袤区域，与金积堡、西宁、肃州的起义军形成呼应，成为甘肃境内四大反清势力之一。
在此后的数年间，河州凭借洮河天险与复杂地形，抵御了清军多次进攻，始终保持着相对独立的控制状态，当地回民的生产生活虽受战事影响，但并未遭遇毁灭性打击。
同治七年，清廷调任左宗棠为陕甘总督，全权督办西北军务，负责平定各地起义、恢复地方秩序。
左宗棠抵达西北后，先稳定陕西局势，再逐步进军甘肃，于同治九年率先攻破金积堡，平定马化龙部起义，随后整饬军队、筹备粮草，将下一个用兵目标锁定河州。
同治十年九月，左宗棠进驻安定（今甘肃省定西市），兵分三路渡过洮河，攻占三甲集等战略要隘，直逼河州腹地，双方在太子寺（今甘肃省广河县）一带形成对峙。
太子寺之战大胜后，河州起义军内部士气高涨，多数将领主张乘胜追击，扩大控制范围，甚至计划进攻左宗棠驻守的安定大营。
但马占鳌认为仅凭河州一地之力，根本无法长期对抗清廷的全国军力，若继续抵抗，最终必然招致清军的报复性镇压，河州回民将面临灭顶之灾。
经过反复斟酌，马占鳌力排众议，做出了趁胜投降、保全族众的决策，他向各部头领阐明利害，最终统一了内部意见，决定主动向清军投诚，以放弃抵抗换取清廷对河州回民的善待。
马占鳌先派遣部下前往三甲集清军行营递交降书，清军前线将领核实情况后上报左宗棠，得到初步应允。
随后，马占鳌派遣其子马七五（后改名马安良），联合其他起义首领的子弟共十人，组成请降使团，前往安定左宗棠大营正式投诚，同时向清军上缴骡马四千余匹、枪矛军械一万四千余件，以实际行动表明投诚的诚意，无丝毫保留与隐瞒。
左宗棠在战场受挫的情况下，接到马占鳌主动请降的消息，经过详细核查确认投诚无诈，随即于同治十一年三月上奏清廷，请求批准接受马占鳌所部投诚，很快得到朝廷批复。至此，河州战事兵不血刃宣告结束。
河州招抚事宜敲定后，清廷并未对当地回民采取惩处、清算、强制迁徙等极端措施，而是依照《准抚条规》《安插回民告示》《抚后禁令》等官方规制，推行了一系列宽厚、稳妥的善后举措，全方位善待河州回民。
清廷专门在河州南乡设立振抚局，对投降回民就地安置、留存本土、不搞远迁。
据《甘肃河州招回难民花民清册》完整记载，同治十二年三月初一至三月三十日，仅河州南乡振抚局就成功招回流亡难民两千零九十五户，合计男丁三千六百一十口、妇幼五千一百八十八口，这些难民均为河州本地回民，清廷允许他们返回原住村落，认领原有田产房屋，无需背井离乡前往陌生地域谋生。
这一安置方式，与金积堡、肃州、西宁回民被强制远迁的境遇形成天壤之别。
金积堡被清军攻破后，左宗棠下令收缴全部武器，掘毁堡墙，马化龙等核心首领被处置，一千八百余名起义骨干及相关人员遭惩处，一万二千余名老弱妇女被强制解往固原州荒地安置，三千余名侨寓回民被解往平凉，金积堡原有的回民聚居格局彻底瓦解。
肃州战事结束后，清军将当地二千数百名老弱妇女解往兰州，后安置于金县（今甘肃省榆中县），肃州境内再无回民居住，甘州、凉州两地回民在战乱与善后中损失殆尽，几乎无留存。
西宁地区的两万陕回在战事结束后，被分三批强制迁徙至清水、秦安等地，迁徙过程中还出现汉民争夺土地、堡寨阻挡安置的冲突，需官府强行弹压。
而河州回民自始至终未遭遇大规模屠戮、清算与强制远迁，本土聚居格局得以完整保留。
清廷对河州回民的善待，在当地民间也留下了真实的历史印记，河州一带长期流传着“左宫保的章程，一劈两半”的说法，直白反映出左宗棠代表清廷对河州回民的处置态度，与金积堡、肃州等地截然不同。
得益于清廷的妥善安置与善待举措，河州回民的人口得以大规模留存，农业生产快速恢复，社会秩序迅速稳定，未出现陕甘其他地区那般毁灭性的人口损失。
同治年间的战乱中，西安府1861年至1880年人口减少约二百三十二万，百分之八十二的人口死于战乱；
宁夏府人口损失超过三十万；兰州府战争损失人口二百一十余万；
平凉、化平川等地汉民百不存一，区域人口近乎灭绝。
而河州地区的回民大多留存本土，人口损失程度远低于其他区域。
战后，河州凭借完整的人口根基与稳定的社会环境，逐步发展成为甘肃境内规模最大的回民聚居区，这一民族分布格局一直延续至近现代，深刻影响了甘肃的民族结构与地方发展。
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