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（来源：小张聊科研 小张聊科研）

为了照顾一下刚入门的小白，我们以A基因作为研究对象、从最简单的科研套路说起，要研究A基因在疾病中的作用和机制，要进行相关性和因果关系研究，一般包括这四部分：

1）A基因的临床意义；

2）A基因对细胞表型的影响；

3）A基因对动物体内功能的影响；

4）A基因的上下游机制。

通常情况下，默认的基因表达、功能和机制关系是：

A基因高表达——促进疾病体内和体外功能——激活某条信号通路或者调控某个科研热点发挥功能。或者相反（A基因低表达、抑制疾病进展以及抑制某条通路）。

*这里也有问题：基因高表达并不意味着促进疾病进展，实际上两者没有必然关系：高表达也可以抑制疾病发挥保护作用，反之亦然。之前我们说过就不展开了。

下面以肿瘤为例，用最简单的例子展开说明:

1）A基因的临床意义：A基因在肿瘤组织高表达、随T、N、M分期、分级等参数升高，也可以作为不良预后标志物；

2）A基因对肿瘤细胞的影响：一般把A基因沉默、过表达后检测细胞增殖、周期、细胞凋亡、侵袭、迁移等；

3）A基因在动物模型对肿瘤生长的影响：一般把A基因沉默、过表达后看肿瘤大小、体积、小鼠生存等，以及肿瘤组织的染色等；

4）A基因被上游某个因子诱导，并通过激活下游B通路（热点、机制）发挥作用。

到这里，大家看起来应该没有任何困难。

下面说问题：B通路（热点、机制）能否完全解释A对细胞表型的影响？

在上面例子中，下游B通路（热点、机制）的机制用来回答：A基因是如何促进肿瘤细胞的增殖、细胞侵袭和迁移以及抑制细胞凋亡的？

所以逻辑很简单：A基因——B通路（热点、机制）——细胞表型（细胞增殖、侵袭和迁移、抑制细胞凋亡表型），因此B通路（热点、机制）要能解释A基因对所有细胞表型的影响。

因此，如果B通路（热点、机制）不能完全解释细胞表型的话，这里的逻辑就有问题了，画成示意图就是这个：

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说的再直白一些：即使B机制可以解释A的细胞周期、干性和凋亡表型，却不能解释对细胞侵袭和迁移的影响，所以叫“机制不能完全解释表型”。

而完整的逻辑应该是：A基因通过B通路（热点、机制）影响细胞周期、凋亡和干性；但通过C通路（热点、机制）影响细胞侵袭和迁移。

所以，你看发在高分期刊上的文章，是不是也有很多研究存在这个问题？