首先，十八界的运作相当复杂，为了方便了解，依于六根，我们把它分成：眼根、色尘、眼识；耳根、声尘、耳识；鼻根、香尘、鼻识；舌根、味尘、舌识；身根、触尘、身识；意根、法尘、意识这六组。接下来，用吃苹果为例来作说明。
第一步，在吃苹果之前，是由眼根接触苹果的色彩、明暗、形状、大小等等；然后，由眼识分别色彩、明暗，也就是由眼识分别属于色尘的部分。这是属于眼根、色尘、眼识三界的运作。
第二步，在眼识分别苹果的色尘以后，也就是分别色彩明暗；再经由意识分别色尘上的法尘，也就是形色、表色、无表色。意识分别色尘上的法尘以后，就会根据分析所看到的苹果——它的颜色、大小、形状是否正常，然后判断可不可以吃，好不好吃。这是属于意根、法尘、意识三界的运作。
第三步，意识在分别以后，意根如果决定要吃，身根也就是手便拿起苹果。经由手接触到食物的软硬、粗细、光滑等等，再由身识分别这个苹果上的触尘，这个过程就是属于身根、触尘、身识三界的运作。
第四步，在苹果即将送入口中的时候，因为香尘会飘散，鼻根就借由呼吸然后接触到香尘。鼻识分别了苹果的香味，意识就可以综合前面所说的眼识、身识、鼻识对于苹果传来的讯息，继续作出判断：如果苹果有酸败气味，就决定不吃。以上就是属于鼻识、香尘、鼻根三界的运作。
第五步，把苹果送入口中开始咀嚼，咀嚼中会产生震动的声音；耳识就会经由耳根接触身根咀嚼所震动的声音，同时把口跟牙齿从空气传来的咀嚼的声音，耳识就会对这一部分加以分别；这时意识就会分别长短声、粗细声等等，对于所吃下的这一块苹果，就继续作判断。以上是属于耳根、耳识、声尘三界的运作。
第六步，在咀嚼苹果的当中，舌根会接触到苹果；舌识借舌根触味尘的因缘，就会分别苹果的酸甜度，这是属于舌根、舌识、味尘三界的运作。
这样完成了六根、六尘、六识这十八界的运作。但是十八界运作的实际情形，远比以上所说的过程复杂得多，速度也很迅速，配合的协调完美也令人难以想象。我们为了方便说明，只能依六根把它分为六个部分来作解说；其实六根是同时连续不断在配合运作，并不是三界三界这样分别开来有前后，而是十八界同时在运作。以上只是对十八界运作的略微说明。
其次，现行熏种子。现行，就是现前的行为，现前的行为也就是十八界运作；这十八界的运作都离不开身行、口行、意行，所以现行就是身行、口行、意行。种子，就是含藏在第八识中的种子，这个种子，我们通常叫做功能差别。也就是，每一个事情它有个功能，这个功能来自于第八识，第八识就含藏着每一个界的功能，这十八界的种子就含藏在第八识当中；当第八识中的种子现行的时候，十八界就可以运作了。熏，就是用熏的方式改变对象，譬如用炭火来熏烤肉，使肉被改变。现行熏种子就是说，我们现在的行为会改变如来藏中所含藏的种子。
人们的各种活动，都离不开身口意行；有了身口意行，就会造作善业、恶业、无记业。布施行善这是善业；骂人就是造口业；打人是造身业；譬如小孩学走路，人们学各种技能，这些身行无关善恶属于无记业；世间的工巧，都是属于无记业。
造作了身口意行，就会有善业、恶业、无记业；有了这些业以后，这些业种就会保存在第八识里；这八识里的业种，会被第七识不断地去攀缘，还有，十八界都同时在运作，会配合外境的六尘，不断地又作意，然后造作新业；在造作新业的同时，第八识也在搜集业种，不断地循环。每个人在一生中，都是不断地攀缘业种，同时又不停地造作新业，因为都离不开十八界的运作；所以，第八识中业种的内涵，会因为不断地造作业行，会因为这些业行的熏习而不停地在改变，这种行为的过程，就叫现行熏种子。也就是现在的行为，熏习改变了第八识中的种子。第八识储存了众生无量劫以来和这一生，所思、所说、所作的无量无数的业行种子，就是现行熏种子。
再次，种子生现行。当一期的寿命结束以后，五根开始毁坏，前六识因为没有五根作为依靠，失去了作用而消失；只剩下第七识意根，依附于第八识，再由第八识生出中阴身。在中阴身阶段，要去投胎，要决定往生到哪里，在中阴阶段，决定往生的方向很多，主要有业力、愿力、定力等势力所决定。
第一业力。每个人都造作了善恶业，这些善恶业的业种就存在如来藏中，如果说恶业的势力趋势比较大，善业的趋势比较小，这时就会先受恶业的果报，下堕到三恶道；如果善业的趋势大，会受生到人、天、阿修罗这三善道。同样生为人，又有千差万别，有人投胎到有钱的家里，有人投胎到贫穷的家里；这是因为他在过去世中，所作的福德资粮不同的缘故。他一生都不作布施，即使为人，也不会富有，他投胎的缘就是贫穷家庭。他经常布施，就有可能投胎到比较富有的家庭；即使投胎到贫穷家庭，也会因为过去世的布施，未来会得到福报，不会贫穷一生。这是属于业力的部分。
第二愿力。并不是只有业力的影响，还有愿力。如果他明明可以生天，但他不愿意，也就是说他的福报可以生到天界，但是他不愿去天界享福，菩萨乘愿再来；这时候，因为愿力的趋势大于所造的善业，虽然善业可以生天，因为愿力的缘故，愿力趋势大，所以他就投胎到人间。
第三定力。除了善恶业，愿力，还有定力。他如果修禅定，证得初禅、二禅、三禅，乃至四空定，他就会生到色界、无色界去。但是，如果他定力的福德，小于他毁谤——恶法的趋势，即使修得四禅、四空定，死后因为谤法的缘故，仍然要往生三恶道下地狱。所以，虽然有了定力，但是因为善恶业的缘故，会改变投胎的方向。当然，投胎的方向还跟习气，跟其他众生的缘等等，都会影响在中阴阶段的投胎方向。
中阴身阶段，就已经决定了投胎方向。如果是投胎为人，都是因为有淫欲跟瞋心，然后才去受胎的，这是指一般人来说。也就是说，中阴身在投胎之前，如果他即将往生为男性，他就会在有缘的父母交合时，起颠倒想，以为自己跟母亲交合，对于自己的母亲起了淫想，而对于父亲起了瞋心；在颠倒想中，就被这样的境界所拘束而受胎。同样的，如果是即将投胎为女人，这时候就会对自己的母亲起瞋心，然后对自己的父亲起淫想；被这样的境界束缚，就会投胎变成女性。这是指普通人投胎来说。
菩萨乘愿再来就不一样了。菩萨乘愿再来就是说，他已经断了人间的淫欲、淫欲想；可以去色界天，但是他愿意在人间继续度化众生；所以他在中阴阶段，不会起颠倒想；菩萨投胎跟一般人是不同的。
胎儿出生以后，就开始了种子生现行。也就是说，现行熏种子，这些现行所熏的种子就产生了作用。一个母亲怀过几胎以后，就知道每一胎的情况都不同，有的胎儿好动，有的胎儿静悄悄的。小孩生下来，个性也完全不一样：有的一天哭到晚；有的不哭不闹醒了吃，吃完睡。这都是过去世所熏习的种子含藏在如来藏中的缘故，虽是同一个父母的孩子，个性思想往往都不相同；因为每个人前生所熏习的不同，如来藏中所含藏的业种也就不同。所以，一个人的思想、个性，会因为过去所熏习的种子而受到影响。
由此可知，佛经为何从来不说“人性本善”或“人性本恶”；而是认为人性的善恶，是经过多生以来的熏习，加上后来所遇的缘，而产生不同的表现。因为每个人多生以来所熏习的千差万别；而在出生以后所遇到的缘，有染缘、净缘，恶缘、善缘等的千变万化；所以，会有各种不同根器、不同表现的人。同样学乐器，有人学得很快，有人学起来就很慢，就是因为他们如来藏所含藏的种子不同。有人对世间法很伶俐，稍微看一下，就知道这个世间法的道理；有人看了半天，学习了半天，也学不出个所以然来。这都是因为每个人在如来藏中所含藏的，过去世所造的业种不同的缘故。也就是说，其实每个人的一生中，都是在种子生现行，现行熏种子中，不断地循环运作。
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