股东资格是公司自治与股东行权的基础，股东资格的认定也是审理其他公司类案件的前提。在公司股权确认之诉中，应结合公司章程、股东名册、市场主体登记、实际出资情况、盈利分配、是否实际行使股东权利，探究当事人具体实施民事行为的真实意思表示进行综合判断。
依据《中华人民共和国公司法》的规定，有限责任公司股东享有股东资格的有关程序为：出资→记载于公司章程→签发出资证明书→记载于股东名册→公司登记机关登记。
1.公司章程在公司内部具有最高行为准则的效力。根据《中华人民共和国公司法》第四十六条第一款第四项规定，有限责任公司章程应当载明股东的姓名或者名称。因此，公司章程可作为认定股东资格的依据之一，但是公司章程并不是认定股东资格的唯一依据，某些情况下没有签署公司章程也没有被记载为股东，并不一定就不具有股东资格。例如，在股权转让、股权继承、新股东入股的情况下，尚未及时变更公司章程，如果仅根据公司章程未记载股东姓名就否认股东资格，显然有违公平原则。
2.出资证明书是有限责任公司成立后向股东签发的，其作用是表明股东履行了出资义务，是行使股东权利的凭证。从出资证明书的内容看，具有认定股东资格的证明力。但出资证明书仅仅是一种物权凭证，只能证明向公司出资，不具有直接认定股东资格的证明力，应结合其他证据补强其证明力。
3.股东名册是股东主张其权利的基础，但是不能仅凭股东名册就作出股权归属的判断，股东名册的证明作用，只发生在没有相反证据证明被记载于股东名册的股东不是真正的股东时；记载于股东名册的股东虽然名义上享有股东资格，却不能否定未记载于股东名册的主体就不具有股东资格。实践中，有些公司的股东名册制度不规范，未设置股东名册或股东名册造假的现象时有发生，如果股东能够提供其他有力证据，就可以推翻股东名册。
4.公司登记机关登记即市场主体登记，是登记机关在经申请人对法定事项提出登记的申请后，审查无误后予以核准并记载法定登记事项随之公之于众的行为。根据《中华人民共和国公司法》第三十二条规定，公司登记事项包括有限责任公司股东、股份有限公司发起人的姓名或者名称。公司登记机关应当将前款规定的公司登记事项通过国家企业信用信息公示系统向社会公示。《中华人民共和国公司法》第三十四条规定，公司登记事项发生变更的，应当依法办理变更登记。公司登记事项未经登记或者未经变更登记，不得对抗善意相对人。
需要注意的是，市场主体登记只是证权性的，其只是一种公示义务，并非取得股东资格、获得从事商业活动权利的前提条件和必经程序。市场主体登记的目的在于将股权归属、股权变动的信息向社会公示。另外，公司为股东进行市场主体登记只是一项义务，股东进行投资或者受让股权，其名称或者姓名应记载于公司的股东名册并进行市场主体登记。市场主体登记虽然是法律所规定的，但是否登记法律并未强制，市场主体登记只具有对外的公示效力，是第三人确认股东的重要证据，未经登记也不会影响对内效力。
实践中认定股东资格的要件可分为实质要件和形式要件，这些不同的要件在具有不同的证明效力。
实质要件包括实际出资情况证明，股权转让、继承、赠予等股权流转协议，在公司中实际享有资产收益、重大决策和选择管理者等材料。形式要件包括公司章程、出资证明书、股东名册、公司登记机关的登记等材料。
当股权归属发生争议时，需结合当事人提交的证据进行综合判定，应将履行出资义务、行使股东权利或以股东身份参与公司事务等实质性要件作为主要依据。如果股东实际上已经获得分红、参加股东会决议、参与公司经营时，实际已经享有股东的权利和义务等，若因为未被登记或记载否定其股东身份，片面认定其不具有股东资格，可能使其合法权益得不到保护，亦可能违背当事人意思自治原则。
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