在弘光政权灭亡之后，左良玉之子左梦庚部明军官兵家属近十万人在安徽东至县向清军投降，英亲王阿济格命令左良玉部将全部到北京朝见顺治皇帝，左部总兵金声桓害怕失去兵权，于是向阿济格自告奋勇，带领军队进攻江西，与其一同参与这次军事行动的还有原李自成旧军王体中部，金声桓在南昌谋杀了不肯剃发的王体中，将其部队全部吞并，随后进攻江西各地，到1645年的八月末，江西十三个府除了赣州、南安等地在明军的控制之下，其余城市全部被清军攻陷。
到1646年，忠于隆武政权的南明军队以赣州为中心，向江西发动了局部反攻，先后攻克泰和县、万安县、峡江县以及吉安府城。1646年年初，清朝平南大将军勒克德浑在湖广大败忠贞营以及明督师何腾蛟部，向江西气势汹汹地杀来。在三月一举攻陷吉安，直逼赣州。此时赣州方面的明朝地方军政人员有江西巡抚刘广胤、江西总督万元吉、武英殿大学士杨廷麟、吏部主事龚棻、兵部主事黎遂球、兵部尚书郭维经等人，军队有滇军赵印选、胡一清部3000人，粤军3000人，两广总督丁魁楚派出的官兵4000人、何腾蛟派出的总兵曹志建部2000人、接受明廷招抚的阎罗总四营头张安部以及还未到的水师罗明受部明军4000人。城外援军超过40000人，而赣州城内的守军人数则有6000人。
清方人数不明，参与此战的清朝江西提督金声桓能出动的机动兵力大约在两万人左右，以此推之，清方军队的人数绝不会少于赣州城内外的明军。
明军虽有数万人马，但却是各地拼凑之军，很难发挥出与人数相匹配的实力。在三月二十四日清军攻陷吉安府城之后，督师万元吉退守皂口（在万安县东南），各部明军军心大乱，纷纷向赣州方向逃命，万元吉身边只剩下汪起龙指挥的安远营，只有官兵300多人，后来只得到了200多人的增援。何腾蛟派出的总兵曹志建部2000人至江西前线，仅一个晚上就不战自溃，而江西巡抚刘广胤招募的2000新兵遇上了清军，结果也是不战自溃，刘广胤被俘虏，各路明朝援军吓得不敢靠近赣州一步。
一直到六月初，自而来的广东吴之蕃、张国祚二部明军在万元吉等人的鼓励之下，在李家山多次和清军接战，南明军队在万元吉等人的鼓励之下奋勇杀敌，多次击败清军，清军稍稍后退，赣州明军的窘境才稍稍缓解。
但很可惜，也只是“稍稍”而已，清军对赣州城内的威胁并未被解除。
各路明军终于齐集赣州城下，完全可以趁着李家山之战的胜利余威联合进军重创清军，然而总督万元吉却认为应该等待罗明受部水师的到来，罗明受原先是活动于广东海域的海贼，清军紧逼江西，罗明受接受兵部主事黎遂球的招抚，带领水师来救援赣州，但明军水师巨舰甚多，在海上那是如蛟龙一般，在章江上可就未必了。八月，罗明受部水师接近赣州，二十三日夜，金声桓命令部下夜袭罗明受，罗明受军战船运转不灵，巨舰八十余艘全部被焚毁，火器全部被缴获，官兵仅被斩杀者就有数百人，罗明受部已经完全失去了战斗力，不得已逃回广东。次日早晨，赣州方面才知道罗明受部明军惨败，守军士气大沮。
清军趁机对赣州城外的各路明军发动进攻，八月二十八日击败粤军，八月二十九日击败滇军，各路援军见势不好纷纷扭头就跑，赣州已是孤城一座。九月三日，清军开始攻打西门，城内明军“缒死士格堕之”，清军攻城失利。此时赣州城内的明军还剩下汪起龙部300人，汪国泰、金昌振部400人，徐日彩部200人，郭维经部3000人、水师后营黄志忠2000人，外加少量乡兵，总共不到6000人，面对数万清军，结局可想而知。九月初九，清军攻克南康县，九月十五，清军攻克上犹县。到九月十九日，清军已经完成了对于赣州的包围，明军陷入了极其不利的窘境，但城内的抵抗依旧持续到十月初。
十月三日，城内最终还是出了叛徒，他从城墙之上缒下引清兵从南门入城，城内顿时鼎沸起来，明朝守卫者和入侵者展开了激战。到第二天，金声桓等人指挥清军大举攻城，清军副将高进库、冯君瑞进攻南门，副将刘伯禄、贾熊、白元裔、何鸣陛进攻东门，副将徐启仁、杨武烈、崔国祥进攻西门，副将李士元等进攻龟尾角，各路清军上城大战，残存的明军依旧拒绝投降，把入侵者一个又一个地杀倒在城墙上，直至这一天的午时，城上的大炮要么被清军摧毁，要么因为频繁发射而过热炸膛，城墙上一片狼藉，清军竖云梯登上城墙，城墙上的明军被一扫而空，而城内的明军仍旧拒绝屈服，他们和清军展开了激烈的巷战。
最终，赣州失守，全城军民战死者以及被清军屠杀者不计其数。万元吉成功乘船逃出，在路上回头望见赣州城内的滚滚浓烟，长叹一声“一城人，吾杀之也！”然后投水而死，给事中万发祥、太常寺卿兼守道彭斯生、吏部主事龚棻、御史姚奇胤、兵部主事于斯昌、兵部主事黎遂球、户部主事林珽、中书舍人袁从谔、刘孟鍧、刘应泗、赣州推官吴国球、参将陈烈、参将程其功等人要么在城破时投水而死，要么死于巷战之中，大学士杨廷麟也投水而死，清游击贾熊敛其尸而葬之。
赣州失守，明军在江西所据守的最后一座重镇的沦陷。这一仗之后，南明王朝的势力被彻底驱逐出江西。同时，赣州的失守也让此 时仍在建宁磨蹭的隆武帝彻底失去了逃往江西的机会，隆武政权的覆灭到此时也已经成为了定局。但必须要提的是，自此之后，清朝提督金声桓的势力几乎扩散到了江西全境，这也就是为什么他在两年后回归明朝阵营时，能够以极短的时间控制江西大多数城市的原因，但是有一座城市没有向他投降，这座城市就是他今天所攻克的赣州，此时的金声桓绝对不会想到，这座城市后来将成为他和一同反正的李成栋的死穴。
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