没错，第一个反应是有内鬼。因为山本所使用的电报采用的是战略级密码，这种密码仅有海军大臣、军令总长以及各司令长官有权使用。山本自认为这套密码绝不可能被破译，除非有人故意泄露了他的行程。海军方面立刻成立调查组，并随即做出三项指示：
第一，立即派出搜救人员，活要见人，死要见尸；
第二，严格封锁消息；
第三，怀疑通讯密码可能已被美军破译，着手展开调查。
这一思路其实非常正确。调查人员严格审查了所有知悉山本行程的人员，包括联合舰队司令部、第八舰队司令部的军官，以及负责发送和接收相关电文的通信人员，但并未发现任何泄密证据。所有相关人员背景清白、忠诚可靠。
不过，有一个人始终无法核查，他就是联合舰队航空参谋市井舍治，山本乘坐飞机的主要航线正是由他规划的。然而，市井舍治本人也在事故中丧生，根本无法对其进行审问。作为联合舰队司令部成员，他加害山本五十六的可能性几乎为零。
日本人宁愿猜测有内鬼，也始终没料到是自己的密码被破译了。因为他们对这套密码极具信心，且在山本出事前三周刚刚更换了乱数表，更觉得密码绝无被破译的可能。
为了验证密码是否真的被破译，日军还搞了一次“钓鱼执法”：他们用同样的加密方式发报，称东南舰队司令长官将按某条路线、于某时某分抵达某地，随后真的安排了飞机按此路线飞行。
这份电报同样被美军成功破译。精明的美国人一眼就看穿了日军的伎俩。他们深知这套密码的重要性，不仅没有实施拦截，反而在击毙山本后，持续派遣少量飞机进行低空侦察，将击毙山本的行动伪装成一次意外事件。没想到，日本人竟然真的信了。
日军最终的调查结果，是将此次事件定性为意外。日本航空专家也分析了美军的行动细节，尤其是P-38战斗机群精准的伏击时机与地点。他们注意到，美军机群是从瓜岛起飞的，这个航程已经达到了P-38的续航极限，必须经过精确计算才能勉强执行任务。
在他们看来，如果美军预先得知了山本的行程，绝不会采取这种毫无把握的方式，毕竟只需几十秒的误差，整个行动就会失败。因此，日军将美军的行动解释为：美军巡逻机偶然发现了山本座机，随即呼叫远程战斗机前来拦截，并非有预谋的作战行动。
综合各类调查报告后，日军最终得出结论：山本遇袭确实是一场意外。此前，尼米兹还曾担心日本人会意识到密码被破译，一旦更换密码，后续作战将陷入被动。没想到日本人竟自行找借口，彻底打消了对密码的怀疑。那么，美国人为何能如此迅速地破译日本海军的密码？
首先，美国破译日军密码本就有基础，中途岛海战时期便已打下了扎实的底子。中途岛战败后，日本人并未意识到是密码被破译，只是出于安全考虑更换了密码。
不过，美国人的运气格外好：1943年1月，一艘盟军军舰击沉了一艘日本潜艇，而这艘潜艇上恰好携带了最新的密码本。日军有严格规定，紧急情况下必须销毁所有密码本。但由于潜艇是被突然击沉的，船员根本没有足够时间完全执行销毁程序。
日军后续也曾试图摧毁潜艇残骸，且他们认为潜艇沉没的水深超过70米，这个深度根本无法进行打捞，密码本理应已被销毁。可他们显然低估了美国人的决心与打捞技术，美军潜水员在黑暗浑浊的潜艇残骸中反复搜寻，最终真的找到了这本关键的密码本。
山本出行时，两架飞机共搭载了联合舰队司令部的9名高级军官，最终7人死亡、2人受伤，联合舰队的指挥系统顿时陷入瘫痪。第二舰队司令长官近藤信竹格外焦急，在山本五十六死后第三天，他依旧没有等来大本营的回复。
当时，山本此前发动的所罗门群岛空战仍在持续，一天也没有停歇；而下一步计划在吉尔伯特群岛附近开展的军事行动，也因缺少签字审批陷入停滞。近藤信竹不知道是否该继续执行这些计划，毕竟重大军事行动牵一发而动全身。更让他担忧的是，据情报分析，美军在北太平洋也即将有军事动作。
俗话说，“军不可一日无帅”。联合舰队已经连续三天没有司令长官。在与山本司令部的残余参谋成员沟通后，近藤信竹以第二舰队司令长官的名义，向海军大臣和军令总长发报，希望能暂时代理联合舰队的指挥权。
但此时却面临一个棘手的问题，山本的大将旗还在东南舰队，自4月3日山本前往前线后，东南舰队司令部便一直悬挂着这面大将旗。在日本海军中有一个传统，谁的旗帜级别高，就听谁的指挥。而近藤信竹的军衔只是中将，如果让中将旗指挥大将旗，无异于直接暴露大将司令官出事的事实。
可当时山本死亡的消息仍是绝对机密，近藤信竹只能焦急地等待大本营的指示。几天后，古贺峰一被任命为联合舰队新任司令官，这一困境才得以解决。
4月21日，山本等人的遗体在布因火化；两天后，他的骨灰被运回了位于特鲁克的旗舰“武藏”号。5月17日，载着山本骨灰的“武藏”号战列舰从特鲁克起航，于5月21日驶入东京湾。同日下午，日军大本营正式发布了山本的死讯，并将山本的国葬仪式安排在1943年6月5日。
葬礼在东京日比谷公园举行，整个葬礼的花费相当于当时半架零式战斗机的造价。不知道山本五十六自己如果有选择的话，是愿意用这笔钱造飞机，还是给自己办这样一场葬礼？
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