隆武二年十二月（1647年1月），郑成功在烈屿（小金门），以“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”之名誓师反清。 隆武三年（1647年）七月，郑成功会同郑彩部队攻打海澄，失败。八月，成功又与郑鸿逵部合围泉州城，清军漳州副将王进率援军至，郑军不敌败退。 隆武四年（1648年），南明浙江巡抚卢若腾等人来归，郑成功蓄积实力后再次出击，攻克同安县。同安，现在归厦门管，是厦门市同安区。
清廷为彻底镇压闽南反清势力，派遣靖南将军陈泰、浙闽总督陈锦、福建提督赵国祚等率军进攻同安。福建同安成为南明势力（尤其是郑成功军队）与清军反复争夺的战略要地。由于双方拉锯战频繁，同安县城曾有“三日归明、三日归清”的民谚。
南明知县叶翼云联合守将邱缙、林壮猷等率军民顽强抵抗。清军伤亡惨重，传说一名贝勒（高级将领）被郑成功军队炮火击毙，其夫人（福晋）悲愤之下调集围攻漳州的清军增援，扬言破城后“鸡犬不留”。
此时，郑成功的军队主力在围攻泉州，清军援军抵达泉州附近后，郑军主力也撤退回到海上。郑成功救援同安的舰队因风向不利受阻，同安县城彻底失去援兵。八月二十六日，同安城因寡不敌众被攻破，叶翼云等官员全部殉国。清军下令屠城七日，前三天即杀害军民四万余人，血染溪流，尸骸塞道，妇孺老幼无一幸免，守城将士悉数杀身成仁。屠城第四日，一队清兵在“刹口庙”附近发现婴儿啼哭爬向母亲尸体，士兵恻隐之心触动，清帅被迫下令封刀。后人建“刹口庙”来纪念此事。
同安屠杀与“嘉定三屠”“扬州十日”等事件齐名，成为清初镇压汉人反抗的典型案例。每年农历八月廿六日，同安百姓祭祀“陷城祖”，悼念遇难祖先。厦门地区有一种风俗，就是“正月初三不拜年”。“初一早，初二早，初三睡到饱”，正月初三既不出去拜年又忌讳他人来拜访。这一习俗源自明朝嘉靖四十年(1561年)正月的倭寇破城，这年的除夕倭寇来攻打同安县城，县令谭维鼎因率兵协防泉州府城，城内军民自发组织保卫战斗，防卫力量不足，到正月初二被倭寇攻破，倭寇劫掠烧杀，百姓受害深重，初三日百姓重拾被毁的家园，收敛被杀害的亲人。以后百姓到初三日为亲人作祭，年复一年逐渐形成习俗。
这一习俗又受清军入同安时的屠城影响更加升华。这次屠城同安城内十室九空，这种惨绝人寰的屠杀给同安百姓以莫大的震撼。这一惨绝人寰的史实又因为清政府的迫害和压制，人们不敢声言，将先前正月初三的祭亡日更加拓展，升华为厦门地区春节的特殊习俗。
在厦门的朋友可以询问一下身边的人，这个风俗的起源就是清代同安惨案的惨痛回忆。因为被杀了三天，第四天才封刀，所以初三日还在杀，不能拜年贺喜，是悲惨日。
清军只有梵天寺的出家人没杀。后来这些被杀的人是由梵天寺的僧人出面安葬的。梵天寺住持无疑和尚收尸合葬于寺东北一里之地，建亭“无祠亭”。这些被安葬的人不是埋在梵天寺。是埋在现在的老城区的城西。以前的城西有个名字叫“后壁墓”就是出了名的乱葬岗。八十年代在城区改造时挖出了大量的骨骸其中很多就是那次屠杀的遇难者。
清政府为掩盖暴行，将埋葬死者的“万人坑”伪称“万善同归所”。不同记载存在差异，主流说法为四万余人，亦有记载称五万。屠杀指挥者，除陈锦外，福建提督赵国祚等也参与指挥。
《同安县志》记载，“顺治五年三月，郑成功据同安，于轮山筑寨守卫。七月，清将佟国器、陈锦、李率泰率兵围攻同安，八月二十六日城陷，明县令叶翼云、教谕陈鼎、守将邱缙、林壮猷死难，清军屠城四日，兵民死难五万余。僧无疑率徒集尸万余具焚葬于轮山左，后立碑日'同归所’”
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