明清之际江南大地大量城市遭到屠城。清廷奉行“抗拒者诛”的屠城政策，有意将屠城作为政治、军事策略使用。顺治二年（1645）春夏之交，在摄政王多尔衮的部署下，清军分豫亲王多铎、英亲王阿济格两路南下，迅速占领南京，摧毁南明弘光政权。江南各地在八旗兵锋之下也随之传檄而定，准备服从新朝统治。不料清廷突然在六月初颁布“剃发令”，要求官绅军民一律迅速剃发。原本业已“归顺”的江南州县又纷纷揭竿而起。
清廷遂调兵遣将，逐一武力镇压，酿成多起屠城惨案。元末胡三省已认为：“自古以来，以攻下城而尽杀城中人为屠城，亦曰洗城。”
1645年7月30日，清军抵达江苏一个叫沙镇的地方，具体乡镇名称或因年代久远、记载简略而难以精确考证。其地理位置应与扬州、江阴等江南抗清核心区相近，属于清军南下镇压路线的一部分。根据《研堂见闻杂记》记载，清军南下过程中，在“沙镇”对居民进行屠杀，清军对沙镇百姓采取“先逼索金银”的手段，男性若交出财物后仍遭杀害，妇女则被掳走奸淫。“遇男女，则牵颈而发其地中之藏，少或支吾，即剖腹刳肠。”男性被杀后，妇女被“奸淫后掳入舟中”，沦为性奴隶。清军以绳索套住民众脖子，逼迫交出财物，稍有不从便当场开膛破肚。目击者描述：“血泚焦土掩红颜，孤孩尚探娘怀乳”。
朔州之屠发生于1649年（顺治六年）八月二十九日，是清军镇压山西反清复明运动的关键事件。此前，大同总兵姜瓖于1648年反正归明，朔州军民响应起义，杀清军官员并迎姜瓖部队入城。清廷调集多尔衮、阿济格、博洛等亲王率军围剿，最终以屠城震慑反抗势力。
清军以红衣大炮连续轰击朔州城，摧毁北城墙45丈、大小城楼3座，并焚毁南门及西南角楼。守军虽浴血奋战，终因寡不敌众，城破后清军涌入。清军入城后执行“尽行诛之”的命令，街道巷战中的军民被悉数斩杀，史载“尸横遍地，血流成河”。普通百姓无论男女老幼皆遭屠戮，《朔州志》记载“城破，悉遭屠戮”，仅存者多为隐匿山林者。清军焚毁粮仓、衙署及民居，劫掠财物，并破坏城墙防御体系。战后朔州“荡然一空”，行政机构被迫迁移。《清世祖实录》称大同、朔州、浑源三城“已经王师屠戮，人民不存”。山西总督佟养量揭帖中记录：“朔州原额地三千二百六十五顷，屠戮后仅存成熟地三百八十九顷，人口死亡一万八千八百六十四丁”。
清军扫荡豫中，许昌（明称许州）位于河南腹地，清军为切断中原反清势力联系，于顺治二年（1645年）攻占许昌。据《明季南略》记载，清军以“追剿流贼余党”为名，对抵抗者实施无差别杀戮，男子多被砍杀，妇女掳为奴隶。地方志载“街衢生荆棘，十室九空”，战后耕地荒废率超过70%。清军焚毁粮仓、衙署及城墙，并将护城河填平以削弱防御功能，导致许昌失去区域经济枢纽地位，直至康熙年间才逐步恢复。洛阳作为明代福王封地，清军为震慑中原，于顺治元年（1644年）攻陷后采取极端手段，守城军民遭集体处决，尸体被抛入洛河，“血染伊水三日”，福王府被洗劫一空，典籍文物焚毁殆尽，寺院古迹（如白马寺）亦遭破坏。明末洛阳人口约30万，清初仅存不足5万。顺治五年（1648年）河南巡抚罗绣锦奏报称“洛阳地荒人稀，赋税无征”，需从山西移民填补劳动力。
清军于1646年占领皖南后，强制推行“剃发令”，引发泾县、徽州、绩溪等地民众起义。泾县士绅尹民兴联合徽州金声、江天一等人起兵抗清，试图恢复南明政权。清军提督张天禄率部于1646年8月攻破泾县城，守城义军全员战死。清军入城后展开报复性屠杀，据《明清史料》记载，城内“横尸遍地，血流成渠”，仅存90余人幸存，死亡人数达5万以上。此事件因惨烈程度被称为“乙酉之难”，成为清初江南反剃发运动的标志性案例，鲁迅曾评价此类屠杀“屠尽汉人骨气廉耻”。
与泾县起义同步，徽州士绅金声、江天一起兵响应，联合宁国、石埭等地义军收复青阳、旌德等县，但终因兵力分散被清军镇压。清军攻陷徽州府后，以“叛乱”罪名对六县实施无差别杀戮，焚毁书院、宗祠等文化场所。徽州人口锐减70%，农田荒废，手工业（如徽墨、茶叶）彻底崩溃。根据《清世祖实录》，1646年清军镇压皖南时，绩溪与泾县同遭屠戮，死亡约2万人。清军焚毁村庄、掳掠妇女，并将尸体抛入河流，导致“溪水腥臭数月”。
徐州作为南北交通枢纽，清军南下时遭遇南明将领高杰旧部抵抗。1645年多铎攻占扬州后，分兵北上徐州。清军破城后以“拒不剃发”为由屠城三日，据《徐州府志》载，城内“积尸塞巷，泗水为之断流”，死亡人数超10万。战后徐州城墙被拆毁五尺，漕运码头焚毁，经济地位一落千丈。
1646年清军贝勒博洛攻占浙江金华府，南明兵部尚书朱大典率军民据城抵抗，城破后清军展开报复性屠杀。清军通过叛徒内应攻破西门，朱大典点燃火药库自尽殉国，其妻妾携孙投井。巷战中剩余守军退守东市街，最终全员战死。清军入城后“三日人头如雨落”，死亡人数约5万。
舟山是鲁王朱以海抗清政权的最后据点，清军由陈锦、金砺率军围攻。清军以红衣大炮破城，明军将领刘世勋、张名扬等巷战殉国，尸体抛入护城河导致“血水三日不散”。战后统计死亡约1.8万人，幸存者仅53人，清军档案记载“全城荡然一空”。1645年，清军因苏州反抗“剃发令”展开无差别杀戮，据《苏州市志》记载“积尸塞巷，泗水断流”，死亡约10万人。
清军攻破海宁硖石，举人周宗彝率义军抵抗失败，其弟周启琦肠断仍战，周氏全家42人投青萝池自尽。海宁手工业与农业遭毁灭性破坏，地方志记载“血染焦土，十室九空”。
在常熟，清军以“拒剃发”为由屠城三日，尸体抛入河道导致“沿河皆人头”，幸存者仅90余人。地方志载“街衢荆棘，无人可守”。
1649年，除夕夜，清军尚可喜、耿继茂遣间谍放火焚烧鼓楼，趁乱攻入南雄城，屠杀军民约2万人。幸存者描述“家家燕子巢空林，伏尸如山莽充斥”，战后仅存20%-30%人口。
1652年，清军因沅江民众响应李定国反清，破城后“满城杀尽，封刀三日”，死亡约10万人。
1648年，福建邵武义军起义失败后，清军“福建总兵”王之纲屠城，死亡人数不详，但“街巷无活口”。
永昌之屠（1659年）发生于南明永历十三年（1659年），清军平定云南时，由征南将军赵布泰、提督线国安主导。永昌府（今云南保山）因长期支持南明政权，成为清军重点镇压对象。清军以“剿灭南明余党”为名，对永昌府及周边地区，清军“沿途烧杀抢掠，百里无人烟”，村庄被焚毁，居民不分老幼皆遭屠戮。地方文献记载，清军将尸体抛入澜沧江，“血染江水三日不散”，并掳掠妇女儿童为奴，部分被押往北方充作旗人包衣。
潼关之屠（1645年）1645年清军多铎部为打通入陕通道，与李自成大顺军在潼关激战。大顺将领马世耀诈降失败，导致七千士兵被屠。据《清世祖实录》载，多铎以“庆功宴”为名解除降兵武装，随后集体砍杀，“尸塞潼关道，血染渭河水”。《潼关志》补充：清军将人头堆成“京观”，女性敏感部位被割下炫耀武功。
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