同治十一年（1872年）正月，左宗棠派清军主力进攻河州太子寺，企图一举歼灭马占鳌部。马占鳌深知清军势大，硬拼难以持久，于是制定了“诱敌深入、设伏歼敌”的战术。
他下令义军在太子寺外围修筑堡垒，故意示弱，引诱清军进入预设的埋伏圈。清军果然中计，贸然进军，陷入义军的包围之中。激战中，清军主将傅先宗被义军击毙，清军全线溃败，太子寺战役以义军大胜告终。
胜利后的马占鳌并没有多少喜悦。他清楚地知道，清廷国力虽衰，但瘦死的骆驼比马大，仅凭河州一地的义军，难以对抗全国的清军。而长期战乱也让回民深受其害，田园荒芜、民不聊生，继续战争只会让回民的处境更加艰难。
左宗棠也在思考镇压策略，连续的军事失利让他意识到，单纯依靠武力无法彻底平定回民起义，必须寻找“以回制回”的突破口。
就在此时，马占鳌主动派使者前往清军大营，表达投降的意愿。左宗棠大喜过望，立即同意谈判。
谈判中，马占鳌提出了三个条件：
一是保全河州回民的生命财产；
二是保留部分义军编制，改编为清军；
三是由回族上层管理河州的回民事务。
左宗棠为了尽快稳定西北局势，全部答应了这些条件。
同治十一年二月，马占鳌率领义军正式降清，清廷授予他游击衔，其部下马悟真、马永瑞等也分别获得官职，义军被改编为三旗马队，归河州镇总兵节制。
马占鳌的降清，成为清廷“以回制回”政策的开端。清廷通过接纳马占鳌，不仅瓦解了回民起义的重要力量，还获得了一个能够有效管控西北的代理人。
马占鳌降清后，清廷通过扶持马占鳌等回族上层，让他们替代官府管理回民事务，同时利用他们的军事力量镇压残余的起义势力，实现西北的稳定。
清廷对马占鳌的义军采取了“改编留用”的策略，将其部编为三旗马队，兵力约三千人，仍由马占鳌担任督带，马悟真、马永瑞分任左右旗官带，马海晏担任督标中营管带。
这支军队名义上是清军，实则保持了高度的独立性，军官任免、士兵招募均由马占鳌说了算，成为马家的私人武装。
同治十一年下半年，马占鳌率领马家军配合清军，镇压了河州周边的残余起义势力，攻克了多个义军据点。随后，他又率军前往西宁，协助清军镇压马桂源领导的回民起义。马家军熟悉当地地形和回民习俗，作战勇猛，屡立战功，成为清廷镇压西北回民起义的重要力量。
通过参与镇压，马家军不仅获得了清廷的嘉奖，还借机扩充了实力。清廷为了鼓励马家军，不断给马占鳌等人晋升官职，马占鳌从游击逐步升任总兵、提督，其部下也多有升迁。
同时，马家军在镇压过程中，收编了部分溃散的义军，兵力从三千人扩充到五千余人，武器装备也得到了改善，成为西北一支不可忽视的军事力量。
为了稳定西北，清廷将河州等地的回民事务管理权交给了马占鳌等人。马占鳌被任命为河州镇总兵，不仅掌控军事大权，还参与地方行政事务。
此外，清廷还将河州的部分经济权力下放给马占鳌，允许他征收部分赋税，用于军队开支和地方建设。
马占鳌利用这些权力，积极发展地方经济，鼓励回民开垦荒地、发展贸易，河州逐渐成为西北的商业重镇，马家也通过掌控经济资源，积累了大量财富，进一步巩固了自己的地位。
清廷对回民的宗教活动始终保持警惕，而马占鳌作为回族宗教领袖，成为清廷管控回民宗教活动的重要依托。清廷规定，河州的清真寺修建、宗教首领任免、教义传播等事务，必须经马占鳌同意后才能上报官府审批，马占鳌实际上拥有了宗教事务的初审权。
马占鳌积极配合清廷的宗教管控政策，他下令拆毁了部分新教清真寺，查禁了新教典籍，禁止新教传播。同时，他扶持顺从清廷的老教门宦，任命自己的亲信担任清真寺阿訇，通过宗教影响力约束回民的行为。清廷通过马占鳌，将宗教管控的触角延伸到回民社会的最底层，实现了对回民宗教活动的有效控制。
马占鳌去世后，其长子马安良继承了他的职位和势力。马安良延续了父亲“效忠清廷、以回制回”的策略，不断扩大马家军的规模和影响力。而光绪二十一年（1895年）爆发的河湟事变，成为马家势力进一步扩张的重要契机。
河湟事变是由伊斯兰教新老教派之争引发的回民起义，起义军迅速攻占了循化、河州、西宁等地，西北局势再次陷入动荡。清廷派董福祥督办甘肃军务，镇压起义。董福祥知道马家军的实力和影响力，于是邀请马安良率领马家军参与镇压。
马安良接到命令后，立即率领马家军出征。他采取“分化瓦解、各个击破”的策略，首先劝说部分起义军将领投降，然后集中兵力攻打顽固抵抗的起义军据点。
马家军在镇压过程中表现突出，先后攻克了河州康家崖、西宁南川等重要据点，斩杀了起义军首领马永琳、韩努力等，为平定河湟事变立下了汗马功劳。
河湟事变后，马安良被升为总兵衔副将，所部马家军从五营扩充到十营，兵力达一万余人。马安良的亲信马福禄、马福祥兄弟也因战功升任记名提督、游击等职，各自掌控了一部分军队。
此外，清廷还将西宁、固原等地的部分军政大权交给了马家势力，马安良掌控河州、马福禄掌控固原、马福祥掌控中卫，马家势力的范围从河州扩展到甘肃、宁夏、青海的广阔区域。
此时的马家军，已经从一支改编的义军，成长为西北最强大的地方势力之一，马家军阀的雏形正式形成。
清末，随着辛亥革命的爆发，清廷统治摇摇欲坠，西北局势陷入混乱。马家势力抓住这一历史机遇，形成了“甘马”“宁马”“青马”三大派系，成为名副其实的地方军阀。
辛亥革命爆发后，甘肃的革命党人发动起义，试图推翻清廷在甘肃的统治。马安良率领马家军坚决镇压革命党起义，先后击败了兰州、天水等地的革命党人，保住了清廷在甘肃的统治。
虽然清廷最终灭亡，但马安良通过镇压革命党，巩固了自己在甘肃的地位，成为甘肃最具影响力的军事力量。
民国成立后，北洋政府为了稳定西北局势，承认了马家势力的地位，任命马安良为甘肃提督，马福祥为宁夏护军使，马麒为青海镇守使。
马家势力借助北洋政府的认可，进一步扩大了自己的势力范围：马安良掌控甘肃中部和西部，马福祥掌控宁夏全境，马麒掌控青海全境，形成了三足鼎立的格局。
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