军改前，省军区系统也是七大军区的重要作战力量，承担防卫作战职责，当时无论是省军区、直辖市警备区还是卫戍区都下辖有相应的作战部队（比如卫戍警卫部队、边海防部队、守备部队乃至是野战部队等等），其中又以新疆军区、西藏军区下辖的军事力量最为强大，任务职责也最重。
为此，在除新疆军区以外的省军区（直辖市警备区）一级，其机关部门设置和陆军集团军是完全一致的，即设齐“司令部、政治部、后勤部、装备部”四大部（省军区司令部、政治部为副军级，省军区后勤部、装备部则为正师级）。至于副大军区级的新疆军区，设立的是司令部、政治部、联勤部、装备部，因为其早在1999年就已经将后勤部更名改建为联勤部。不过，在军分区（正师级警备区）一级，则是仅设立“司令部、政治部、后勤部”，而没有装备部的部门建制（军分区司令部、政治部为副师级，军分区后勤部则是正团级规格），这一机构设置一直持续到了2017年4月（2017年4月，包括省军区系统在内的84个新调整组建军级单位主官集体亮相，标志着新调整组建的省军区系统正式起步运行）。
2017年6月，众多军媒/官媒集体官宣省军区系统完成编制体制改革调整（以下所称“省军区系统”不包括新疆军区、西藏军区、北京卫戍区这三个陆军单位）、开始按新的编制体制运行，主要涉及到“领导管理体系革新、机关部门设置、任务职能转变、领导职数缩减、下辖力量调整”等等方面。
一是领导管理体系革新：军改前，所有省军区、直辖市警备区、卫戍区由七大军区分别领导管理，比如成都军区负责领导管理“四川省军区、云南省军区、贵州省军区、西藏军区（不含阿里）、重庆警备区”，南京军区负责领导管理“江苏省军区、安徽省军区、浙江省军区、江西省军区、福建省军区、上海警备区”等等。而军改后，除新疆军区、西藏军区、北京卫戍区转隶陆军外，其余的3个直辖市警备区、25个省军区则都是转隶军委国防动员部统一领导管理，转型为国防动员单位。如此一来，省军区系统就不再是“大陆军体制”下的“陆军单位”，而是独立于各军兵种之外的新系统，面向各军兵种服务战备、支持国防，所以省军区系统各级单位主官可以来自陆军、海军、空军、火箭军等各军种。
二、机关部门设置有大变化：军改中，转隶军委国防动员部的3个直辖市警备区、25个省军区，其机关部门设置由军改前的“四大部”即司令部、政治部、后勤部、装备部，调整为“一办四局”即办公室、政治工作局、战备建设局、国防动员局、保障局。其中，办公室、政治工作局、战备建设局、国防动员局为正师级，保障局则是副师级，可以发现，改革后的省军区机关规格普遍降低。相应的，军分区一级的机关部门设置则由“司令部、政治部、后勤部”调整为“政治工作处、战备建设处、国防动员处和保障处”，其中政治工作处、战备建设处、国防动员处为正团级，保障处是副团级，改革后部门级别同样是明显下降。
三、任务职能彻底转变：新体制下，省军区系统不再以防卫作战为主业，而是在军委国防动员部领导下主要承担“国防动员、后备力量建设、兵役征集、国防教育、国防设施保护、双拥工作和军民融合协调、军队干休所管理、军队离退休干部服务保障”等职能。另根据军委国防动员部的定位，省军区系统职能任务概括为“五部”，具体就是：应急应战的指挥部、地方党委的军事部、后备力量的建设部、同级政府的兵役部、军民融合的协调部。
四、领导职数大幅缩减：军改前，省军区（直辖市警备区）本级都设有司令员、政委、若干位副司令员、副政委、参谋长、政治部主任等正军级和副军级领导职务（一般是两正五副），军分区一级则设有司令员、政委、若干位副司令员、副政委、参谋长、政治部主任等正师级和副师级领导职务。但在新体制运行后，省军区系统的领导职数大幅缩减，此外现役编制也是大幅减少了，如省军区本级仅设有两正两副（即司令员、政委各一名，副司令员、副政委兼纪委书记各一名），军分区一级仅设两正一副（即司令员、政委、副司令员兼纪委书记各一名）。
五、下辖力量调整：军改前，省军区、直辖市警备区下辖有作战部队，其中甚至有海防师、海防旅这类师旅级作战单位。但改革后，隶属军委国防动员部的省军区系统都不再领导管理作战部队（原由作战部队移交给了战区陆军），不过却从各军兵种接收了相应的军队干休所统一领导、统一管理。目前，省军区本级保留着少量的直属力量（如警备纠察队、综合训练队、警卫勤务队）。
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